Poco se sabe sobre la filogeografía de las especies de armadillos nativas del sur de América del Sur. En este estudio describimos la filogeografía del armadillo peludo chillón Chaetophractus vellerosus, discutimos hipótesis previas sobre el origen de su distribución disjunta y proponemos una alternativa, basada en información novedosa sobre variabilidad genética. Se analizó la variación de secuencias parciales de la Región de Control (CR) del ADN mitocondrial de 73 individuos de 23 localidades para realizar un análisis filogeográfico utilizando pruebas de neutralidad, distribución de desajustes, red de unión media (MJ) y registros paleontológicos. Encontramos 17 sitios polimórficos que dieron como resultado 15 haplotipos. Se presentan dos nuevos registros geográficos que amplían la distribución conocida de la especie; uno de ellos vincula las distribuciones de las especies recientemente sinonimizadas C.nationi y C. vellerosus. El patrón filogeográfico del armadillo peludo que grita puede abordarse como categoría V de Avise, linajes comunes generalizados más linajes estrechamente relacionados confinados a uno o unos pocos lugares cercanos cada uno. Los linajes más antiguos se distribuyen en el área centro-norte del rango de distribución de la especie en Argentina (es decir, área de distribución ancestral). C. vellerosus parece ser una especie de baja vagilidad que expandió, y probablemente esté expandiendo, su rango de distribución mientras presenta signos de estructuración genética en áreas centrales. Para explicar la distribución disjunta, se propuso una hipótesis de extinción de la especie en áreas intermedias debido al cambio climático cuaternario a condiciones más húmedas. Ofrecemos una explicación alternativa, la colonización a larga distancia, basada en la nula variabilidad genética, el registro paleontológico y la evidencia de alternancia de períodos climáticos frío/árido y templado/húmedo durante el último millón de años en el sur de América del Sur.
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